大阪大学医学部 Python会 (情報医科学研究会)

Now is better than never.

医学科学生用計算機 (計算サーバ)

大阪大学医学部医学科には学生専用の計算サーバがあり、管理運用をPython会が担当しています (2019年度学部予算で導入、2020年8月に本格運用開始)。

以下の利用申請手続きにより、大阪大学医学部医学科学生 (非会員含む) が利用可能です。

GPUを用いた機械学習、バイオインフォマティクス、各種統計解析、シミュレーション計算など、ドライ系の研究・学習全般に利用することができます。

利用申請の方法・書式など

利用を希望する学生は、以下の利用規則を熟読のうえ、利用許可申請書に記入して提出してください。 (直接提出または、スキャンや写真でも構いません。)

各学年の担当者が受け付けますが、担当者がわからない場合は Contact から連絡してください。

  • 医学科学生用計算機 利用規則 (pdf)
  • 医学科学生用計算機 利用許可申請書書式 (pdf), (Google Docs)

申請後

申請内容に問題なければ、計算機上のアカウントを発行し、また利用者のSlackワークスペースに登録します。 接続方法ほか、利用に関する具体的な案内はそちらで行います。

計算機スペックなど

(2021年9月アップグレード後)

  • CPU : Core i9-9900X (3.5 GHz, 10 cores, 20 threads)
  • GPU : NVIDIA RTX A6000 (VRAM: 48GB) x2 / GeForce RTX 2080Ti (VRAM: 11GB) x1
  • Main Memory : 128GB
  • ストレージ
    • システム領域 : NVMe SSD 2TB
    • 作業領域 : NVMe SSD 4TB
    • ユーザーデータ領域 : HDD 30TB (RAID5, SSDキャッシュ 960GB)
    • バックアップ領域 : HDD 2TB (RAID1)
  • OS : Ubuntu 20.04 LTS
  • ホスト名 : Alice
  • 設置場所 : 医学科全学年自習室 (最先端医療イノベーションセンター棟2F)

alice_photo

利用状況

  • バイオインフォマティックス用ツール ikra のアップデート ikra v2.0
  • RStudioServer上でのsingle-cell解析ツールSeuratの使用
  • コマンドラインを用いたバイオインフォマティクス解析
  • scanpyの試用
  • 自主研究症例事業での緑内障判別モデルの開発 緑内障AI
  • RNA配列解析ツールのデバッグ・移植に関する実験的計算
  • 細胞培養実験データ解析に関する計算
  • jetson を用いたマウス姿勢推定実験系の開発
  • RStudioServer上でバイオインフォマティックス解析
  • slack用botの運用