大阪大学医学部 Python会

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がんゲノム変異シグネチャー解析

2019-06-21(Fri) - Posted by 山田 in 技術ブログ    tag:Bioinformatics

がんゲノムの変異シグネチャーの推定にチャレンジしてみました。 きっかけ 先日の遺伝学の講義にて、がんゲノムの変異シグネチャーを教えていただき、やり方も詳しく書かれていたので、挑戦してみました。 講義ではRでしたので、Pythonでも同じ結果が得られるか、Pythonの勉強も兼ねての挑戦....

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VELOCYTO

2019-03-24(Sun) - Posted by 廣瀬 in 技術ブログ    tag:Bioinformatics

Velocyto とは、RNAseq の結果に含まれるイントロンの割合からその細胞の分化指向性を算出するという解析手法です。 RNAseq でイントロン?? RNAseq においては totalRNA のうち 99%ともいわれる rRNA を除き mRNA のみを効率よくSequence する目的で、Pol....

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阪医Python会特製 RNA-seq pipeline ver. 1.0 リリース

2019-03-19(Tue) - Posted by 菅波, 西田, 大森, 安水, 小川, 山田, 川嶋, 川崎, 平岡, 廣瀬, 柳澤, 淡田, 中村, 依藤 in 技術ブログ    tag:Bioinformatics

阪医Python会のbioinformaticsチームの一つの成果として、RNA-seqのパイプラインのv1.0がリリースとなったので記事とさせていただきます。SRR idから遺伝子✕サンプルのテーブルにするまでには意外に大変ですが、それをすべて自動化しました。ダウンロード、詳細等....

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Bioinformatics春合宿@三島

2019-03-10(Sun) - Posted by 安水, 平岡 in 技術ブログ    tag:Bioinformatics

平岡と安水は2019/03/04-09の一週間、静岡県三島市の国立遺伝学研究所にあるDBCLSにてbioinformatics合宿をしていました。定量、アセンブリを始めとするトランスクリプトーム解析やjuliaの入門、データベースのコツなど、たくさんのことを学びました。bioin....

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Gene Set Enrichment Analysis (GSEA)入門

2018-11-27(Tue) - Posted by 西田 in 技術ブログ    tag:Bioinformatics

GSEAとは GSEAは発現差異解析の結果などで得られる遺伝子群がどういった機能のものかを明らかにするために用いられる解析手法です。機能表現として用いられる主なものとしてはKEGGのパスウェイ分類やGene Ontology(GO)があります。 clusterProfilerでGSEA....

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化合物データ処理ソフト RDKit

2018-11-21(Wed) - Posted by 川嶋 in 技術ブログ    tag:Bioinformatics

RDkitは化合物(低分子有機化合物)を扱うためのpythonパッケージです。ケモインフォマティクス(Cheminformatics) という創薬系の分野でよく用いられています。今回はこれの簡単な使い方を説明します。 いつものパッケージのインポート

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