大阪大学医学部 Python会

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(記事中の意見やお勧めなどは原則としてそれぞれの執筆者個人のものであり、会としての見解を示すものではありません。)

single cell解析における遺伝子発現量の可視化

2024-03-04(Mon) - Posted by 豊田 in 技術ブログ    tag:Bioinformatics

目的 scanpyでsingle cellの解析を行う際、遺伝子の発現量を見るとき、sc.pl.stacked_violinを用いて、以下の画像のように細胞タイプごとのさまざまな遺伝子の発現量の比較が可能です。 普段、研究室に所属して研究に協力させていただいてるのですが、研究室で「特定....

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5年次研究留学 @ ハーバード大学

2023-10-23(Mon) - Posted by 池側 in 技術ブログ    tag:海外留学

概要 阪大医学部のカリキュラムでは、5年生の1~2月に臨床研究室配属期間があります。 その期間を利用してアメリカのハーバード大学へ1ヶ月間の研究留学をしたので、その活動内容について報告します。 自分はMD-PhDコースに入っておらず、周りに研究留学に行った人もいなかったため、留学先の選....

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医療画像と自己教師あり学習まとめ

2023-01-03(Tue) - Posted by 安部 in 技術ブログ    tag:Machine Learning tag:論文まとめ

休み中に読んだ自己教師あり学習の医療画像への応用について3つまとめました。 APTOS2019で検証するときはkaggle上でsubmitしてスコアを出してほしいなと個人的には思いました。 画像に紐付いた別データ(テキストや遺伝子データなど)を使ってマルチモーダルな学習をするのは今後....

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統計検定準1級 合格体験記

2022-09-17(Sat) - Posted by 池側 in 技術ブログ    tag:検定試験 tag:Statistics

2022年7月9日にCBT方式で統計検定準1級に合格したので、合格体験記を残します。 あくまでも合格体験記なので、合格のためのコツなどはあまり紹介しません。 統計検定を受けた目的や自分が行った対策、合格後の感想などを中心に書いていこうと思うので、受験するきっかけになれば幸いです。 著者....

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境界条件を伴うカーネル密度推定

2022-08-09(Tue) - Posted by 山本 in 技術ブログ    tag:Python

カーネル密度推定と境界 カーネル密度推定 (kernel density estimation; KDE) はカーネル関数を用いてデータの確率密度関数を推定する手法である.Pythonの場合はscipy.stats.gaussian_kdeを使うのが主である.この記事では境界条件があるときに....

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WSI*自己教師あり学習のメモ

2022-07-03(Sun) - Posted by 安部 in 技術ブログ    tag:Machine Learning tag:論文まとめ

最近病理の画像をバイトで扱うことが増えています。せっかくなので自己教師あり学習を使ってみたいと思い、病理画像に自己教師あり学習を用いた論文をいくつか調べました。 WSIとは Whole slide images(WSI)とは、バーチャルスライドとも呼ばれる病理組織プレパラート標本全体をス....

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英語のカルテデータのコンペに参加してみた(際の失敗と反省)

2022-06-10(Fri) - Posted by 杉原 in 技術ブログ    tag:Data Science Competition

この記事の趣旨 医学生かつ技術がある程度わかる人としてkaggleに関わる機会を得た。 その経験を通して学んだことなど今から書く。臨床を学んだ医師がコーディング以外の強みを活かしてテクノロジーに関わっていくとはどういった形のものなのか、イメージがつくようになってもらえたら嬉しい。なお....

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CLIPを実装し理解する

2022-05-24(Tue) - Posted by 池側 in 技術ブログ    tag:Machine Learning

目的 CLIPを理解するため、公式実装や他の記事を参考にしながらCLIPを自分で実装してみました。 公式実装では他に様々な工夫がなされていますが、今回は最低限のコードでCLIPを分かり易く実装することを目的にしているため、性能については保証できません。 本記事はCLIPの実装と解説を主....

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