大阪大学医学部 Python会 (情報医科学研究会)

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論文抄読で便利なサイト

2018-09-09(Sun) - Posted by 柳澤 in 技術ブログ    tag:論文関連

Contents

    論文抄読で便利なサイト

    英語論文を読むのにものすごいハードルがある人(=僕)や英語見るだけでなんとなく気持ちがのらない人(=僕)でも、論文を読まなければみたいな状況は訪れます。結局大事なことは英語で書いてあるし今後嫌でも読まなければいけないので、なんとか楽して読めないものか…ということで、いつも論文を読む時にどんなサイトを使っているかを一度書き起こしてみました。
    とりあえずハードルを下げることメインなので、「普通に読めるやろ」みたいな人はスルーでお願いします笑。5年の免疫内科の実習で論文の効率的な読み方を習って、もっと早く知ってればなあと思ったので、もし先生に「〇〇に関する論文読んできてねー」みたいなことを言われた時とかに参考にしてみてください。 大阪大学免疫内科のホームページと被っていることも多いです。こちらも是非見てみてください。

    論文を(ざっと)読む

    とりあえずわからない単語が多すぎて全然読み進められない、いちいち単語を調べているとテンポが悪く全然頭に入らないみたいな時は、是非ライフサイエンス辞書のEtoJ Vocabularyを使ってみてください。 論文の英語の文章を丸ごと一本コピー&ペーストして青くなっている単語をクリックすると下にその単語の日本語訳がでます。オプション設定で「ライフサイエンス辞書 + ejdic」にして使うことが多いです。論文一本読むか迷うような場合はとりあえずアブストだけe to jに入れて読むと数分でなんとなく何が書いてあるのかわかるのでおすすめ。なんか変に訳されていることもおおいので、そういう時はガシガシググりまくってます。ググると日本語ページなんかもあったりして大抵なんとかなります。よく英語の構造がわかんない時はgoogle 翻訳に文章ごと突っ込んで雰囲気を理解します。略語に関しては、正式名称が論文のどこにも見当たらない時は略語検索Allieっていうサイトを使います(かなり便利)。成句がわからない時もググるのですが、アルク社の英辞郎の方がweblioよりうまくいく気がします。あと免内のHPにも書いてありますがNCBIでは遺伝子とかタンパクのデータを調べるとバックグラウンドが理解でき、今読んでいる論文がどんなことをしたいかがよくわかることが多いです。(余談ですが予算が減らされたらしくNCBIのサイトのアップデートできないみたいな話を聞いたんですがどうなったんだろう)。
    個人的にはアブストを読んだ後、イントロを読もうとして途中で心が折れることが多いのでイントロは飛ばしてResultsに行くようにしてます。とりあえずResultsの題名だけ読んでFigureをみて全体像を掴む→よくわからんところがあったら本文を見ていくって感じにすると意外と早く大体の内容が把握できます。

    論文と(とりあえず)身近になる

    有名な雑誌(Impact Factorの高い雑誌)に関しては免内のサイトをみてください。 日本語でいいから論文に触れる。を目標にして行きたい。 Nature とNEJMは題名とアブストを日本語で読める。興味のある記事が一目でわかります。Natureには日本語のご利用ガイドまで。ありがたいです。 AASJはほぼ毎日日本語で面白い論文を解説してくれています。AASJおすすめ あとライフサイエンス新着論文レビュー, 領域融合レビューもお世話になってます。論文執筆者がその論文について解説してくれていたり、その領域について概説してくれています。(DBCLSのサービスの一つなのですが、他にも前述のAllie含め色々なサービスがあります。うまく使いこなせるようになりたい。使いこなしてるって人は教えてください。サイトは→ DBCLS

    (有名どころの)論文を探す

    せっかく読むんならたくさん引用されているすごい論文を読んだ方がかコスパがいい気がする!ということでその領域の代表的な論文を読みたいって時、結構pubmedでは検索しにくかったりします。キーワード入れたけどこれはどれくらいすごい論文なのかわからないという時はISI web of knowledgeを使ってます。ある領域で被引用回数の多い順に論文を見ることができたりいろいろ便利な機能があります。おおきな括りで調べる時(autophagyとかsepsisとか)は最近3年くらいで、何個か検索ワードを並べて検索する時には最近10年分くらいで検索するとうまく行くことが多いです。被引用回数の多い順に検索結果を並べかえて上位のものからいくつかアブストを読んでみて、面白いなあと思ったものの論文を実際に読むっていう感じにしてます。
    論文がどこにあるかわからなければ下の方に書いてあるpubmed idをコピーしてpubmedの検索のところにその番号を直接ペーストすると、お目当の論文が出てきます。阪大のwifiに繋がないと見れないですが、本当に役立ちます。あとはやっぱりgoogle scholarも使うことが多いです。