大阪大学医学部 Python会 (情報医科学研究会)

Now is better than never.

阪医Python会特製 RNA-seq pipeline ver. 1.0 リリース

2019-03-19(Tue) - Posted by 菅波, 西田, 大森, 安水, 小川, 山田, 川嶋, 川崎, 平岡, 廣瀬, 柳澤, 淡田, 中村, 依藤 in 技術ブログ    tag:Bioinformatics

阪医Python会のbioinformaticsチームの一つの成果として、RNA-seqのパイプラインのv1.0がリリースとなったので記事とさせていただきます。SRR idから遺伝子✕サンプルのテーブルにするまでには意外に大変ですが、それをすべて自動化しました。ダウンロード、詳細等....

Read more...


Particle filter

2018-10-05(Fri) - Posted by 柳澤 in 技術ブログ    tag:Machine Learning

今回はパーティクルフィルターの紹介をしたいと思います。 といってもやり始めたばっかなので、間違っていたらご指摘お願いします。 手順 基本は以下の4つのサイクルを繰り返すだけです。 リサンプリング 予測 観測 尤度計算 重みの更新 と言っても分かりにくかったんで、イメージで話すと まず粒子(パーティク....

Read more...


クラスター分析

2018-09-24(Mon) - Posted by 柳澤 in 技術ブログ    tag:Machine Learning

現在、クラスター分析の勉強をしています。 勉強し始めて数時間ですが、少しまとめてみたいと思います。 クラスター分析とは 簡単に言うと、クラスター分析とは異なる性質のものが混ざり合った集団から互いに似た性質を持つものを集める方法のことです。 あらかじめ分類の基準が決まっておらず分類のための....

Read more...


論文抄読で便利なサイト

2018-09-09(Sun) - Posted by 柳澤 in 技術ブログ    tag:論文関連

論文抄読で便利なサイト 英語論文を読むのにものすごいハードルがある人(=僕)や英語見るだけでなんとなく気持ちがのらない人(=僕)でも、論文を読まなければみたいな状況は訪れます。結局大事なことは英語で書いてあるし今後嫌でも読まなければいけないので、なんとか楽して読めないものか…という....

Read more...