大阪大学医学部 Python会 (情報医科学研究会)

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LinuxでのBioinformatics環境構築

2018-10-16(Tue) - Posted by 平岡 in 技術ブログ    tag:Bioinformatics

Contents

    ただいま、私のMacbook Proが入院しておりまして、古いWindows10をUbuntuとデュアルブートして作業しております。下級生でもWindowsしか持っていない、でもBioinformaticsに関心があるという人が、スムーズに環境構築できるようにと今回の記事を書きます。なお、前提として、Ubuntuのインストールが完了しているものとします。なお、筆者のインストールしたUbuntuは18.04.1 LTSです。

    今回はKallistoを用いたRNA-seq解析パイプラインで使う、RNA-seq系のツールのインストールを行っていきますが、順次別の解析目的のツールインストールも紹介したいと考えております。今回の環境構築で、Kallistoを用いたRNA-seq解析パイプラインに進むことができます。

    Pythonのインストール

    Ubuntuのバージョンによってはpython2.7がデフォルトとなっている場合もあるので、python3系をダウンロードし、デフォルトに設定しよう。

    # check the version of python.
    $ python --version
    >>> Python 2.7.15rc1
    

    Biocondaのインストール

    Anacondaのインストーラーをダウンロードします。

    $ bash ~/Downloads/Anaconda3-4.1.0-Linux-x86_64.sh
    $ echo 'export PATH=/home/user/anaconda3/bin:$PATH' >> ~/.bashrc
    $ conda -V
    
    $ python --version
    >>> Python 3.6.6+
    

    バイオインフォマティクスの分野では解析のために様々なツールを利用しますが、インストールのたびにパスを通すなどの作業をしていると大変煩雑ですし、バージョン管理もしにくくなります。パッケージマネージャーを使ってツールを一元管理するのが賢明です。 Homebrewなどのパッケージ管理システムは有名ですが、対応していないツールの多く、現状はBiocondaというパッケージマネージャーがおすすめです。

    # Download a Miniconda package for linux python3
    $ wget https://repo.continuum.io/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
    $ bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
    

    EnterやYesを入力していくとインストールが終了し、パスも通った状態になります。

    # condaコマンドが正常に動作していれば成功です。(terminalを開き直しましょう。)
    $ conda -h
    

    biocondaのチャンネルを追加。biocondaチャンネルが最上位に来るように設定。

    $ conda config --add channels conda-forge
    $ conda config --add channels defaults
    $ conda config --add channels r
    $ conda config --add channels bioconda
    

    それでは早速ツールをインストールしていきましょう。基本 conda install ???でインストールが完了し正常に動作していきます。非常に便利ですね。

    $ conda install parallel-fastq-dump
    $ conda install fastqc
    $ conda install multiqc
    $ conda install trimmomatic
    $ conda install kallisto
    

    参照

    Rツールのインストール

    Rのコンソールを開いて、Rのツールをインストールしていきます。 Tximportのインストール

    > source("https://bioconductor.org/biocLite.R")
    > biocLite("tximport")
    

    DESeq2のインストール

    > source("https://bioconductor.org/biocLite.R")
    > biocLite("DESeq2")
    

    参照