大阪大学医学部 Python会 (情報医科学研究会)

Now is better than never.

Atcoder 緑になりました

2020-09-25(Fri) - Posted by 淡田 in 技術ブログ    tag:競技プログラミング

9月から実習が始まって進捗が落ちてます、5年生の淡田です。 先週のABC179コンテストで緑になりました。 (GREEEN ( ´ ▽ ` )) やったこと 問題を解きまくりました(現在Atcoderで400ACくらい)。 8月はC問題を中心に、9月からD問題からE問題を中心に解いた感じです。 Cあた....

Read more...


幅優先探索の話 (競プロの話)

2020-06-27(Sat) - Posted by 淡田 in 技術ブログ    tag:競技プログラミング

こんばんは、医学部5年の淡田です。 自粛につぐ自粛でどうぶつの森で魚ばっか釣ってる日々であんま話すことがなかったのでちょっと競プロの話 競プロって? 競技プログラミングの略で、問題が与えられてそれをプログラミングで解決していくコンテスト。 問題によって縛りがあって 「○○時間内に解けよ」 っ....

Read more...


阪医Python会特製 RNA-seq pipeline ver. 1.0 リリース

2019-03-19(Tue) - Posted by 菅波, 西田, 大森, 安水, 小川, 山田, 川嶋, 川崎, 平岡, 廣瀬, 柳澤, 淡田, 中村, 依藤 in 技術ブログ    tag:Bioinformatics

阪医Python会のbioinformaticsチームの一つの成果として、RNA-seqのパイプラインのv1.0がリリースとなったので記事とさせていただきます。SRR idから遺伝子✕サンプルのテーブルにするまでには意外に大変ですが、それをすべて自動化しました。ダウンロード、詳細等....

Read more...


TCGAbiolinksとその使い方

2018-11-11(Sun) - Posted by 淡田 in 技術ブログ    tag:Bioinformatics

皆さん初めまして淡田公久と申します。 リレー投稿初週ということで、僕が現在基礎配属で使用していますデータやツールに関してのお話をさせて頂きます。 TCGA TCGAというサイトをご存じでしょうか? TCGAは2006年からアメリカが開始したガンゲノムプロジェクトで、20種類以上の癌腫につ....

Read more...