RNA-seq pipeline ikra v2.0 リリース
阪大医学部Python会では、RNA-Seqのパイプラインである ikra (https://github.com/yyoshiaki/ikra)をリリースしておりました (cf. 阪医Python会特製 RNA-seq pipeline ver. 1.0 リリース)。このたびikraの機能を大幅....
仮説に基づいたデータ解析における先入観の弊害
まず、以下のリンクから2つのデータをダウンロードしましょう。 data9b_m.txt：https://www.dropbox.com/s/r3wyn2ex20glsoa/data9b_m.txt?dl=0 data9b_w.txt：https://www.dropbox.com/s....
阪医Python会特製 RNA-seq pipeline ver. 1.0 リリース
阪医Python会のbioinformaticsチームの一つの成果として、RNA-seqのパイプラインのv1.0がリリースとなったので記事とさせていただきます。SRR idから遺伝子✕サンプルのテーブルにするまでには意外に大変ですが、それをすべて自動化しました。ダウンロード、詳細等....
Bioinformatics春合宿@三島
平岡と安水は2019/03/04-09の一週間、静岡県三島市の国立遺伝学研究所にあるDBCLSにてbioinformatics合宿をしていました。定量、アセンブリを始めとするトランスクリプトーム解析やjuliaの入門、データベースのコツなど、たくさんのことを学びました。bioin....
Common Workflow Language入門
先日workflow-meetupにお誘いを頂いて参加してきました。そこでThe Common Workflow Language(CWL)というものを習ったので忘れないうちに医学部生にもわかりやすくまとめます。 CWLって？ 一言で言うと、bioinformatics処理の自動化です。ど....
MACS2とdeepToolsのbigwigファイルの比較
ChIP-seqとは 全身で37兆個あるといわれているヒトの細胞は、基本的にすべて同じDNA配列を有している。しかし、肝細胞、網膜、免疫細胞と細胞にはそれぞれの"個性"がある。更には正常の免疫細胞と暴走している免疫細胞など細胞には"状態"もある。これらを制御する大きな要素としてエピ....
GitHub desktopアプリの使い方
githubとはなにかの説明は省略しています。githubについて知らない人は先にいろいろ調べてみましょう。今回はgithub desktopについてです。 レポジトリの読み込み（プロジェクト開始時の一回のみ。） github上のレポジトリとLocal pathを指定。 これでうまくclo....
ベイズ流T検定 -BEST-
ここ最近pymcを使ったベイズ推論のことをずっと考えています(2018年6月執筆当時)。pymc3を扱った本(http://amzn.asia/1TWcfTI)が先週発売されて買ってしまったのですが、まだ前のpymc本(http://amzn.asia/8CPISDp)を読み切っ....
寿司打タイピング自動化
寿司打の自動化についてです。上の動画のようになりました。寿司打は結構昔からあるタイピング練習サイトです。寿司打はこちらです。 1万円コースで1万円超えない人はタイピング遅いので特訓しましょう。 自動化の流れとしては スクリーンショットを取る(PIL) OCRで文字認識をする(pyocr) ....
ipynb破損時の対応
先日１ヶ月以上を費やしてまとめていたipynbファイルが破損して開けなくなってしまい、やさぐれていました。 なんとかならないか調べても、壊れたファイルは戻ってこないよ的な塩対応しかなかったので絶望していたのですが、pythonでなんとかできるのではないかとあがいてみました。 なんとか....
