大阪大学医学部 Python会 (情報医科学研究会)

Now is better than never.

技術ブログ

5年次海外実習

2019-03-29(Fri) - Posted by 佐藤, 宮崎 in 技術ブログ    tag:海外留学

1月末から3月中旬までオーストラリアのメルボルンに海外実習に行ってました、5年生の佐藤です。基礎系の研究室に行ったのですが、僕がまだまだ勉強不足なところも多くこれからの勉強のモチベーションにもなりました。 僕の実習内容についてはまだまとまっていないので、去年行った宮崎先輩の資料をも....

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NTT corevoチャレンジ: 話者の性別・年代識別

2019-03-29(Fri) - Posted by 佐藤 in 技術ブログ    tag:Machine Learning tag:Data Science Competition

Signate内で開催されていた上記のコンペティションに参加してきました。以下試してみたこと、感想のまとめです。 思っていたよりも良い成績を残すことができて満足です。医学とはあまり関係なさそうですが、音声は脳波や心電図等と同じく時系列データなので、その扱いに慣れたことは良かったです....

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ローレンツ曲線とPythonで日本人の年収の偏りを示そう!

2019-03-25(Mon) - Posted by 平岡 in 技術ブログ    tag:Statistics

このページでは統計初学者向けにローレンツ曲線とその意味、使い所について説明し、Pythonを使って実際にデータ解析を行ってみます。 ローレンツ曲線とは ローレンツ曲線とは、横軸にも縦軸にも累積相対度数を使って、描いたグラフのことです。何かの偏りを示したいときに利用されることが多いです....

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VELOCYTO

2019-03-24(Sun) - Posted by 廣瀬 in 技術ブログ    tag:Bioinformatics

Velocyto とは、RNAseq の結果に含まれるイントロンの割合からその細胞の分化指向性を算出するという解析手法です。 RNAseq でイントロン?? RNAseq においては totalRNA のうち 99%ともいわれる rRNA を除き mRNA のみを効率よくSequence する目的で、Pol....

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必要n数の決定~研究計画~

2019-03-22(Fri) - Posted by 依藤 in 技術ブログ    tag:Statistics

シングルセル解析での細胞数実現可能性:金銭面、使用機器のスループットを考慮した細胞数 ② 検出力:統計学的検討により細胞種間の差が充分に検出される症例数であるか ③ 倫理面:ヒトサンプル、あるいはモデル動物サンプルの取り扱い とくに②に関して: 分類するclusterに関して過去の文献から....

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阪医Python会特製 RNA-seq pipeline ver. 1.0 リリース

2019-03-19(Tue) - Posted by 菅波, 西田, 大森, 安水, 小川, 山田, 川嶋, 川崎, 平岡, 廣瀬, 柳澤, 淡田, 中村, 依藤 in 技術ブログ    tag:Bioinformatics

阪医Python会のbioinformaticsチームの一つの成果として、RNA-seqのパイプラインのv1.0がリリースとなったので記事とさせていただきます。SRR idから遺伝子✕サンプルのテーブルにするまでには意外に大変ですが、それをすべて自動化しました。ダウンロード、詳細等....

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Bioinformatics春合宿@三島

2019-03-10(Sun) - Posted by 安水, 平岡 in 技術ブログ    tag:Bioinformatics

平岡と安水は2019/03/04-09の一週間、静岡県三島市の国立遺伝学研究所にあるDBCLSにてbioinformatics合宿をしていました。定量、アセンブリを始めとするトランスクリプトーム解析やjuliaの入門、データベースのコツなど、たくさんのことを学びました。bioin....

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Pythonで可視化入門

2019-01-18(Fri) - Posted by 宮崎 in 技術ブログ    tag:Python

Pythonでいい感じのグラフを書いてみたい!でも面倒!よくわからない! これを読めばそんなあなたも簡単にいい感じのグラフがかける! この記事では、Pythonのライブラリである、定番のmatplotlibとseaborn、pandasを使った可視化、インタラクティブなplotly、....

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