大阪大学医学部 Python会

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技術ブログ


がんゲノム変異シグネチャー解析

2019-06-21(Fri) - Posted by 山田 in 技術ブログ    tag:Bioinformatics

がんゲノムの変異シグネチャーの推定にチャレンジしてみました。 きっかけ 先日の遺伝学の講義にて、がんゲノムの変異シグネチャーを教えていただき、やり方も詳しく書かれていたので、挑戦してみました。 講義ではRでしたので、Pythonでも同じ結果が得られるか、Pythonの勉強も兼ねての挑戦....

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行列演算の初歩の初歩とNumPy

2019-05-16(Thu) - Posted by 小川 in 技術ブログ    tag:Python

機械学習をはじめ、何をやるにも行列演算は必須です。 本稿ではその初歩と、ライブラリ NumPy での基本的な実行方法を簡単に解説します。 (主に1年生向け。) 引用表記の部分 はやや発展的な内容なので、初めて読むときは飛ばしてOKです。 ベクトルの積 定義 まず、ベクトルの積を以下のように定義しま....

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Graph Neural Network (GNN)をゼロから実装した話

2019-05-13(Mon) - Posted by 小川 in 技術ブログ    tag:Machine Learning tag:企業インターン

医学科3年の小川です。 最近どうも某ネトゲの話しかしていない気がするので、たまには少し違う話題。 某社の試験課題 その筋で有名な某社の某イベント[注1]に応募したところ、選抜試験として次の課題が送られてきました。 Graph Neural Network (GNN)を言語標準ライブラリのみで実....

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IPA「基本情報技術者試験」受験録

2019-05-12(Sun) - Posted by 小川 in 技術ブログ    tag:検定試験

IPAの「基本情報技術者試験」 (2019年春期) を受験してきました。 なんでも経済産業省管轄の国家試験で、官報公示までされるらしい。よくわからないけどすごい。 厚生労働省の某国家試験は受験資格が残念ながらまだないけれど、こないだ国試受けてきたって言ってもたぶん嘘じゃないわけです。だか....

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はじめての競プロ:入力アンチョコメモ

2019-04-27(Sat) - Posted by 小川 in 技術ブログ    tag:競技プログラミング

入力のパターン Python会競プロ部(?)へようこそ! はじめての方には入力が最初の鬼門だと思います。 AtCoder のABCで、これさえ覚えれば大丈夫!な入力パターンは以下の通り。 最初は説明の意味がわからなくても、とりあえずコピペすれば動きます(何)。 言語は Python3 (3.4.....

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5年次海外実習

2019-03-29(Fri) - Posted by 佐藤, 宮崎 in 技術ブログ    tag:海外留学

1月末から3月中旬までオーストラリアのメルボルンに海外実習に行ってました、5年生の佐藤です。基礎系の研究室に行ったのですが、僕がまだまだ勉強不足なところも多くこれからの勉強のモチベーションにもなりました。 僕の実習内容についてはまだまとまっていないので、去年行った宮崎先輩の資料をも....

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NTT corevoチャレンジ: 話者の性別・年代識別

2019-03-29(Fri) - Posted by 佐藤 in 技術ブログ    tag:Machine Learning tag:Data Science Competition

Signate内で開催されていた上記のコンペティションに参加してきました。以下試してみたこと、感想のまとめです。 思っていたよりも良い成績を残すことができて満足です。医学とはあまり関係なさそうですが、音声は脳波や心電図等と同じく時系列データなので、その扱いに慣れたことは良かったです....

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ローレンツ曲線とPythonで日本人の年収の偏りを示そう!

2019-03-25(Mon) - Posted by 平岡 in 技術ブログ    tag:Statistics

このページでは統計初学者向けにローレンツ曲線とその意味、使い所について説明し、Pythonを使って実際にデータ解析を行ってみます。 ローレンツ曲線とは ローレンツ曲線とは、横軸にも縦軸にも累積相対度数を使って、描いたグラフのことです。何かの偏りを示したいときに利用されることが多いです....

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VELOCYTO

2019-03-24(Sun) - Posted by 廣瀬 in 技術ブログ    tag:Bioinformatics

Velocyto とは、RNAseq の結果に含まれるイントロンの割合からその細胞の分化指向性を算出するという解析手法です。 RNAseq でイントロン?? RNAseq においては totalRNA のうち 99%ともいわれる rRNA を除き mRNA のみを効率よくSequence する目的で、Pol....

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