今回は PAR-CLIP 解析のAll-in-oneパイプラインソフトウェアである、Mockinbirdを紹介します。日本語での情報がほぼなく、説明が長くなってしまいそうなので、2回に分けて書きます。 PAR-CLIPって何? PAR-CLIPは photoactivatable ribon....
Pythonでいい感じのグラフを書いてみたい!でも面倒!よくわからない! これを読めばそんなあなたも簡単にいい感じのグラフがかける! この記事では、Pythonのライブラリである、定番のmatplotlibとseaborn、pandasを使った可視化、インタラクティブなplotly、....
突如TwitterのBotを作ってみたくなり試行錯誤した結果をまとめてみました。 きっかけ 講義棟の音出し禁止時間を毎日6時に通知してくれるBOTが欲しい。 幸い音出し禁止時間はネット上に記載されているので、毎日取得して呟くだけなら実装は簡単そう。 何よりPython会の記事のネタになる....
以下の論文を軽く紹介。 Shen S, Li Y, Du N, Wu X, Xie Y, Ge S, et al. On the Generation of Medical Question-Answer Pairs. arXiv. 2018. http://arxiv.org/abs/1811.00681 概要 Tensent M....
Pythonの変数、ふだん何気なく使っていますが、やっていることは実は結構複雑です。主にC/C++と対比しつつ簡単にまとめてみます。 実際のところ、よく知らなくてもあまり影響がない場合が殆どです。が、複雑な操作を行ったり何か変数の挙動が不審な場合などは、思い出してみるのもよさそうで....
先日workflow-meetupにお誘いを頂いて参加してきました。そこでThe Common Workflow Language(CWL)というものを習ったので忘れないうちに医学部生にもわかりやすくまとめます。 CWLって? 一言で言うと、bioinformatics処理の自動化です。ど....
はじめに 「どうぶつしょうぎ」 というゲームをご存知でしょうか。(wikipediaの解説) 普及・教育用のミニ将棋として考案されたもので、本将棋が盤9x9、駒8種のところを盤3x4、駒4種までコンパクトにしたものです。 駒の名前もひよこ(歩)、ぞう(弱い角)、きりん(弱い飛車)、ライオ....
GSEAとは GSEAは発現差異解析の結果などで得られる遺伝子群がどういった機能のものかを明らかにするために用いられる解析手法です。機能表現として用いられる主なものとしてはKEGGのパスウェイ分類やGene Ontology(GO)があります。 clusterProfilerでGSEA....