大阪大学医学部 Python会

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技術ブログ

阪医Python会特製 RNA-seq pipeline ver. 1.0 リリース

2019-03-19(Tue) - Posted by 菅波, 西田, 大森, 安水, 小川, 山田, 川嶋, 川崎, 平岡, 廣瀬, 柳澤, 淡田, 中村, 依藤 in 技術ブログ    tag:Bioinformatics

阪医Python会のbioinformaticsチームの一つの成果として、RNA-seqのパイプラインのv1.0がリリースとなったので記事とさせていただきます。SRR idから遺伝子✕サンプルのテーブルにするまでには意外に大変ですが、それをすべて自動化しました。ダウンロード、詳細等....

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Bioinformatics春合宿@三島

2019-03-10(Sun) - Posted by 安水, 平岡 in 技術ブログ    tag:Bioinformatics

平岡と安水は2019/03/04-09の一週間、静岡県三島市の国立遺伝学研究所にあるDBCLSにてbioinformatics合宿をしていました。定量、アセンブリを始めとするトランスクリプトーム解析やjuliaの入門、データベースのコツなど、たくさんのことを学びました。bioin....

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Pythonで可視化入門

2019-01-18(Fri) - Posted by 宮崎 in 技術ブログ    tag:Python

Pythonでいい感じのグラフを書いてみたい!でも面倒!よくわからない! これを読めばそんなあなたも簡単にいい感じのグラフがかける! この記事では、Pythonのライブラリである、定番のmatplotlibとseaborn、pandasを使った可視化、インタラクティブなplotly、....

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Twitter自動投稿あれこれ

2019-01-18(Fri) - Posted by 川崎 in 技術ブログ    tag:自動化

突如TwitterのBotを作ってみたくなり試行錯誤した結果をまとめてみました。 きっかけ 講義棟の音出し禁止時間を毎日6時に通知してくれるBOTが欲しい。 幸い音出し禁止時間はネット上に記載されているので、毎日取得して呟くだけなら実装は簡単そう。 何よりPython会の記事のネタになる....

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Pythonの変数と代入について

2018-12-20(Thu) - Posted by 小川 in 技術ブログ    tag:Python

Pythonの変数、ふだん何気なく使っていますが、やっていることは実は結構複雑です。主にC/C++と対比しつつ簡単にまとめてみます。 実際のところ、よく知らなくてもあまり影響がない場合が殆どです。が、複雑な操作を行ったり何か変数の挙動が不審な場合などは、思い出してみるのもよさそうで....

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PythonとKerasでどうぶつしょうぎ

2018-12-06(Thu) - Posted by 小川 in 技術ブログ    tag:Machine Learning

はじめに 「どうぶつしょうぎ」 というゲームをご存知でしょうか。(wikipediaの解説) 普及・教育用のミニ将棋として考案されたもので、本将棋が盤9x9、駒8種のところを盤3x4、駒4種までコンパクトにしたものです。 駒の名前もひよこ(歩)、ぞう(弱い角)、きりん(弱い飛車)、ライオ....

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