Mockinbirdを用いたPAR-CLIP解析
今回は PAR-CLIP 解析のAll-in-oneパイプラインソフトウェアである、Mockinbirdを紹介します。日本語での情報がほぼなく、説明が長くなってしまいそうなので、２回に分けて書きます。 PAR-CLIPって何？ PAR-CLIPは photoactivatable ribon....
技術ブログ
Pythonで可視化入門
Pythonでいい感じのグラフを書いてみたい！でも面倒！よくわからない！ これを読めばそんなあなたも簡単にいい感じのグラフがかける！ この記事では、Pythonのライブラリである、定番のmatplotlibとseaborn、pandasを使った可視化、インタラクティブなplotly、....
Twitter自動投稿あれこれ
突如TwitterのBotを作ってみたくなり試行錯誤した結果をまとめてみました。 きっかけ 講義棟の音出し禁止時間を毎日6時に通知してくれるBOTが欲しい。 幸い音出し禁止時間はネット上に記載されているので、毎日取得して呟くだけなら実装は簡単そう。 何よりPython会の記事のネタになる....
【論文まとめ】医師国家試験問題自動生成AI
以下の論文を軽く紹介。 Shen S, Li Y, Du N, Wu X, Xie Y, Ge S, et al. On the Generation of Medical Question-Answer Pairs. arXiv. 2018. http://arxiv.org/abs/1811.00681 概要 Tensent M....
Pythonの変数と代入について
Pythonの変数、ふだん何気なく使っていますが、やっていることは実は結構複雑です。主にC/C++と対比しつつ簡単にまとめてみます。 実際のところ、よく知らなくてもあまり影響がない場合が殆どです。が、複雑な操作を行ったり何か変数の挙動が不審な場合などは、思い出してみるのもよさそうで....
Common Workflow Language入門
先日workflow-meetupにお誘いを頂いて参加してきました。そこでThe Common Workflow Language(CWL)というものを習ったので忘れないうちに医学部生にもわかりやすくまとめます。 CWLって？ 一言で言うと、bioinformatics処理の自動化です。ど....
PythonとKerasでどうぶつしょうぎ
はじめに 「どうぶつしょうぎ」 というゲームをご存知でしょうか。（wikipediaの解説） 普及・教育用のミニ将棋として考案されたもので、本将棋が盤9x9、駒8種のところを盤3x4、駒4種までコンパクトにしたものです。 駒の名前もひよこ（歩）、ぞう（弱い角）、きりん（弱い飛車）、ライオ....
Gene Set Enrichment Analysis (GSEA)入門
GSEAとは GSEAは発現差異解析の結果などで得られる遺伝子群がどういった機能のものかを明らかにするために用いられる解析手法です。機能表現として用いられる主なものとしてはKEGGのパスウェイ分類やGene Ontology(GO)があります。 clusterProfilerでGSEA....
