大阪大学医学部 Python会 (情報医科学研究会)

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技術ブログ

シェルスクリプト入門(2)

2018-11-16(Fri) - Posted by 水野 in 技術ブログ    tag:Shell script

※ 編集注:前作シェルスクリプト入門(1)の続編です。まだ読み終わってない方はそちらを先にどうぞ。 テーブルファイルの操作と言えばRです。 (※ 編集注:Pythonでもできます。) が、そこまでbashで書いてきたのに、R呼び出して変数再設定して…面倒くさいから嫌だ!! ってことないでしょ....

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TCGAbiolinksとその使い方

2018-11-11(Sun) - Posted by 淡田 in 技術ブログ    tag:Bioinformatics

皆さん初めまして淡田公久と申します。 リレー投稿初週ということで、僕が現在基礎配属で使用していますデータやツールに関してのお話をさせて頂きます。 TCGA TCGAというサイトをご存じでしょうか? TCGAは2006年からアメリカが開始したガンゲノムプロジェクトで、20種類以上の癌腫につ....

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シェルスクリプト入門(1)

2018-11-01(Thu) - Posted by 水野 in 技術ブログ    tag:Shell script

python会なのにpythonまだ触ったことありません。勉強せねば。 データ整形の流れって、教わる機会なくないですか? つまらないものですが、僕のやり方を紹介してみます。 始めたばかりの人は参考にしてください。 経験者の方、変なとこあったらどしどし突っ込みください! そして皆さんの自己流....

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MACS2とdeepToolsのbigwigファイルの比較

2018-10-29(Mon) - Posted by 安水 in 技術ブログ    tag:Bioinformatics

ChIP-seqとは 全身で37兆個あるといわれているヒトの細胞は、基本的にすべて同じDNA配列を有している。しかし、肝細胞、網膜、免疫細胞と細胞にはそれぞれの"個性"がある。更には正常の免疫細胞と暴走している免疫細胞など細胞には"状態"もある。これらを制御する大きな要素としてエピ....

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GitHub desktopアプリの使い方

2018-10-28(Sun) - Posted by 安水 in 技術ブログ    tag:GitHub

githubとはなにかの説明は省略しています。githubについて知らない人は先にいろいろ調べてみましょう。今回はgithub desktopについてです。 レポジトリの読み込み(プロジェクト開始時の一回のみ。) github上のレポジトリとLocal pathを指定。 これでうまくclo....

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LinuxでのBioinformatics環境構築

2018-10-16(Tue) - Posted by 平岡 in 技術ブログ    tag:Bioinformatics

ただいま、私のMacbook Proが入院しておりまして、古いWindows10をUbuntuとデュアルブートして作業しております。下級生でもWindowsしか持っていない、でもBioinformaticsに関心があるという人が、スムーズに環境構築できるようにと今回の記事を書きます....

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いまさらGoogle Colaboratory入門

2018-10-08(Mon) - Posted by 宮崎 in 技術ブログ    tag:Python

いまさらGoogle Colaboratory触ってみた感じ、かなり便利なのでまとめておきます。動機は、研究室の環境とは別に、趣味のプログラミングの環境が欲しかったからです。 (あと、PCがクソザコなので、クラウドがいいかなーと思いました) 対象 初学者に非常に向いています。python....

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Particle filter

2018-10-05(Fri) - Posted by 柳澤 in 技術ブログ    tag:Machine Learning

今回はパーティクルフィルターの紹介をしたいと思います。 といってもやり始めたばっかなので、間違っていたらご指摘お願いします。 手順 基本は以下の4つのサイクルを繰り返すだけです。 リサンプリング 予測 観測 尤度計算 重みの更新 と言っても分かりにくかったんで、イメージで話すと まず粒子(パーティク....

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