大阪大学医学部 Python会

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技術ブログ


PythonとKerasでどうぶつしょうぎ

2018-12-06(Thu) - Posted by 小川 in 技術ブログ    tag:Machine Learning

はじめに 「どうぶつしょうぎ」 というゲームをご存知でしょうか。(wikipediaの解説) 普及・教育用のミニ将棋として考案されたもので、本将棋が盤9x9、駒8種のところを盤3x4、駒4種までコンパクトにしたものです。 駒の名前もひよこ(歩)、ぞう(弱い角)、きりん(弱い飛車)、ライオ....

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Gene Set Enrichment Analysis (GSEA)入門

2018-11-27(Tue) - Posted by 西田 in 技術ブログ    tag:Bioinformatics

GSEAとは GSEAは発現差異解析の結果などで得られる遺伝子群がどういった機能のものかを明らかにするために用いられる解析手法です。機能表現として用いられる主なものとしてはKEGGのパスウェイ分類やGene Ontology(GO)があります。 clusterProfilerでGSEA....

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化合物データ処理ソフト RDKit

2018-11-21(Wed) - Posted by 川嶋 in 技術ブログ    tag:Bioinformatics

RDkitは化合物(低分子有機化合物)を扱うためのpythonパッケージです。ケモインフォマティクス(Cheminformatics) という創薬系の分野でよく用いられています。今回はこれの簡単な使い方を説明します。 いつものパッケージのインポート

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2018年阪大理系数学をPythonで解いてみた

2018-11-20(Tue) - Posted by 山田 in 技術ブログ    tag:Python

なぜ入試数学をPythonで?? Pythonについていろいろ調べているうちに、なんとプログラミングで数学の問題が解ける!ということを知りました。 コードの勉強にもなると思い、じゃあやってみよう!ということで、今回の記事に至りました。 どの問題を解くか? いろいろなサイトでPythonで....

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カプランマイヤー曲線について

2018-11-20(Tue) - Posted by 佐藤 in 技術ブログ    tag:Statistics

はじめに 書こうと思ったきっかけ 実習中論文を頂いて読む機会が多いが、医学論文は薬は新しい治療方法の成績を比較しているのが多い。 だいたい Kaplan-Meier曲線 が使われているので(偏見)、論文を読むときにはもちろん、将来自分が論文を執筆するときに、何が行われているのか少しでも理解....

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シェルスクリプト入門(2)

2018-11-16(Fri) - Posted by 水野 in 技術ブログ    tag:Shell script

※ 編集注:前作シェルスクリプト入門(1)の続編です。まだ読み終わってない方はそちらを先にどうぞ。 テーブルファイルの操作と言えばRです。 (※ 編集注:Pythonでもできます。) が、そこまでbashで書いてきたのに、R呼び出して変数再設定して…面倒くさいから嫌だ!! ってことないでしょ....

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TCGAbiolinksとその使い方

2018-11-11(Sun) - Posted by 淡田 in 技術ブログ    tag:Bioinformatics

皆さん初めまして淡田公久と申します。 リレー投稿初週ということで、僕が現在基礎配属で使用していますデータやツールに関してのお話をさせて頂きます。 TCGA TCGAというサイトをご存じでしょうか? TCGAは2006年からアメリカが開始したガンゲノムプロジェクトで、20種類以上の癌腫につ....

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シェルスクリプト入門(1)

2018-11-01(Thu) - Posted by 水野 in 技術ブログ    tag:Shell script

python会なのにpythonまだ触ったことありません。勉強せねば。 データ整形の流れって、教わる機会なくないですか? つまらないものですが、僕のやり方を紹介してみます。 始めたばかりの人は参考にしてください。 経験者の方、変なとこあったらどしどし突っ込みください! そして皆さんの自己流....

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