Pythonの変数と代入について
Pythonの変数、ふだん何気なく使っていますが、やっていることは実は結構複雑です。主にC/C++と対比しつつ簡単にまとめてみます。 実際のところ、よく知らなくてもあまり影響がない場合が殆どです。が、複雑な操作を行ったり何か変数の挙動が不審な場合などは、思い出してみるのもよさそうで....
技術ブログ
Common Workflow Language入門
先日workflow-meetupにお誘いを頂いて参加してきました。そこでThe Common Workflow Language(CWL)というものを習ったので忘れないうちに医学部生にもわかりやすくまとめます。 CWLって？ 一言で言うと、bioinformatics処理の自動化です。ど....
PythonとKerasでどうぶつしょうぎ
はじめに 「どうぶつしょうぎ」 というゲームをご存知でしょうか。（wikipediaの解説） 普及・教育用のミニ将棋として考案されたもので、本将棋が盤9x9、駒8種のところを盤3x4、駒4種までコンパクトにしたものです。 駒の名前もひよこ（歩）、ぞう（弱い角）、きりん（弱い飛車）、ライオ....
Gene Set Enrichment Analysis (GSEA)入門
GSEAとは GSEAは発現差異解析の結果などで得られる遺伝子群がどういった機能のものかを明らかにするために用いられる解析手法です。機能表現として用いられる主なものとしてはKEGGのパスウェイ分類やGene Ontology(GO)があります。 clusterProfilerでGSEA....
化合物データ処理ソフト RDKit
RDkitは化合物(低分子有機化合物)を扱うためのpythonパッケージです。ケモインフォマティクス(Cheminformatics) という創薬系の分野でよく用いられています。今回はこれの簡単な使い方を説明します。 いつものパッケージのインポート In [1]:%matplotlib i....
2018年阪大理系数学をPythonで解いてみた
なぜ入試数学をPythonで？？ Pythonについていろいろ調べているうちに、なんとプログラミングで数学の問題が解ける！ということを知りました。 コードの勉強にもなると思い、じゃあやってみよう！ということで、今回の記事に至りました。 どの問題を解くか？ いろいろなサイトでPythonで....
カプランマイヤー曲線について
はじめに 書こうと思ったきっかけ 実習中論文を頂いて読む機会が多いが、医学論文は薬は新しい治療方法の成績を比較しているのが多い。 だいたい Kaplan-Meier曲線 が使われているので(偏見)、論文を読むときにはもちろん、将来自分が論文を執筆するときに、何が行われているのか少しでも理解....
pandasのpivot_tableを用いた高速データ処理
概要 pandasのpivot_tableは強力な機能で、カテゴリごとの集計や計算を高速に行うことができます。 pivot_tableを使った計算で個人的によく使う処理をまとめたものをkaggle のkernelで公開しました。 このkernelでは簡単なダミーデータでpivot_tab....
シェルスクリプト入門(2)
※ 編集注：前作シェルスクリプト入門（1）の続編です。まだ読み終わってない方はそちらを先にどうぞ。 テーブルファイルの操作と言えばRです。 (※ 編集注：Pythonでもできます。) が、そこまでbashで書いてきたのに、R呼び出して変数再設定して…面倒くさいから嫌だ！！ ってことないでしょ....
TCGAbiolinksとその使い方
皆さん初めまして淡田公久と申します。 リレー投稿初週ということで、僕が現在基礎配属で使用していますデータやツールに関してのお話をさせて頂きます。 TCGA TCGAというサイトをご存じでしょうか？ TCGAは２００６年からアメリカが開始したガンゲノムプロジェクトで、２０種類以上の癌腫につ....
