MACS2とdeepToolsのbigwigファイルの比較
ChIP-seqとは 全身で37兆個あるといわれているヒトの細胞は、基本的にすべて同じDNA配列を有している。しかし、肝細胞、網膜、免疫細胞と細胞にはそれぞれの"個性"がある。更には正常の免疫細胞と暴走している免疫細胞など細胞には"状態"もある。これらを制御する大きな要素としてエピ....
技術ブログ
GitHub desktopアプリの使い方
githubとはなにかの説明は省略しています。githubについて知らない人は先にいろいろ調べてみましょう。今回はgithub desktopについてです。 レポジトリの読み込み（プロジェクト開始時の一回のみ。） github上のレポジトリとLocal pathを指定。 これでうまくclo....
LinuxでのBioinformatics環境構築
ただいま、私のMacbook Proが入院しておりまして、古いWindows10をUbuntuとデュアルブートして作業しております。下級生でもWindowsしか持っていない、でもBioinformaticsに関心があるという人が、スムーズに環境構築できるようにと今回の記事を書きます....
Kallistoを用いたRNA-seq解析パイプライン
今回はKallistoを用いたRNA-seq解析パイプラインを紹介します。LinuxでのBioinformatics環境構築でこの記事への準備はすべて終了している流れになります。Kallistoは小惑星の名前のようです。つっこみどころありましたら、コメントいただけると嬉しいです！....
ベイズ流T検定 -BEST-
ここ最近pymcを使ったベイズ推論のことをずっと考えています(2018年6月執筆当時)。pymc3を扱った本(http://amzn.asia/1TWcfTI)が先週発売されて買ってしまったのですが、まだ前のpymc本(http://amzn.asia/8CPISDp)を読み切っ....
いまさらGoogle Colaboratory入門
いまさらGoogle Colaboratory触ってみた感じ、かなり便利なのでまとめておきます。動機は、研究室の環境とは別に、趣味のプログラミングの環境が欲しかったからです。 (あと、PCがクソザコなので、クラウドがいいかなーと思いました) 対象 初学者に非常に向いています。python....
Particle filter
今回はパーティクルフィルターの紹介をしたいと思います。 といってもやり始めたばっかなので、間違っていたらご指摘お願いします。 手順 基本は以下の４つのサイクルを繰り返すだけです。 リサンプリング 予測 観測 尤度計算 重みの更新 と言っても分かりにくかったんで、イメージで話すと まず粒子（パーティク....
【論文まとめ】Improving Breast Cancer Detection using Symmetry Information with Deep Learning
Improving Breast Cancer Detection using Symmetry Information with Deep Learning. http://arxiv.org/abs/1808.08273 概要 放射線専門医がするようにマンモグラムの左右差を見て乳がんの判定をするCN....
クラスター分析
現在、クラスター分析の勉強をしています。 勉強し始めて数時間ですが、少しまとめてみたいと思います。 クラスター分析とは 簡単に言うと、クラスター分析とは異なる性質のものが混ざり合った集団から互いに似た性質を持つものを集める方法のことです。 あらかじめ分類の基準が決まっておらず分類のための....
寿司打タイピング自動化
寿司打の自動化についてです。上の動画のようになりました。寿司打は結構昔からあるタイピング練習サイトです。寿司打はこちらです。 1万円コースで1万円超えない人はタイピング遅いので特訓しましょう。 自動化の流れとしては スクリーンショットを取る(PIL) OCRで文字認識をする(pyocr) ....
