VELOCYTO
Velocyto とは、RNAseq の結果に含まれるイントロンの割合からその細胞の分化指向性を算出するという解析手法です。 RNAseq でイントロン?? RNAseq においては totalRNA のうち 99%ともいわれる rRNA を除き mRNA のみを効率よくSequence する目的で、Pol....
技術ブログ
必要n数の決定～研究計画～
シングルセル解析での細胞数 ① 実現可能性：金銭面、使用機器のスループットを考慮した細胞数 ② 検出力：統計学的検討により細胞種間の差が充分に検出される症例数であるか ③ 倫理面：ヒトサンプル、あるいはモデル動物サンプルの取り扱い とくに②に関して： 分類するclusterに関して過去の文献から....
阪医Python会特製 RNA-seq pipeline ver. 1.0 リリース
阪医Python会のbioinformaticsチームの一つの成果として、RNA-seqのパイプラインのv1.0がリリースとなったので記事とさせていただきます。SRR idから遺伝子✕サンプルのテーブルにするまでには意外に大変ですが、それをすべて自動化しました。ダウンロード、詳細等....
JuliaとPythonと競技プログラミング
最近友人と話していてJulia (https://julialang.org)が話題になったことがあったので、少しだけ調べて試してみた話。 Juliaってなに？ Pythonのような動的型付けのスクリプト言語です。実行時にコンパイルを行いC言語にも迫る実行速度、科学技術系の数値計算もど....
Bioinformatics春合宿@三島
平岡と安水は2019/03/04-09の一週間、静岡県三島市の国立遺伝学研究所にあるDBCLSにてbioinformatics合宿をしていました。定量、アセンブリを始めとするトランスクリプトーム解析やjuliaの入門、データベースのコツなど、たくさんのことを学びました。bioin....
Mockinbirdを用いたPAR-CLIP解析
今回は PAR-CLIP 解析のAll-in-oneパイプラインソフトウェアである、Mockinbirdを紹介します。日本語での情報がほぼなく、説明が長くなってしまいそうなので、２回に分けて書きます。 PAR-CLIPって何？ PAR-CLIPは photoactivatable ribon....
Pythonで可視化入門
Pythonでいい感じのグラフを書いてみたい！でも面倒！よくわからない！ これを読めばそんなあなたも簡単にいい感じのグラフがかける！ この記事では、Pythonのライブラリである、定番のmatplotlibとseaborn、pandasを使った可視化、インタラクティブなplotly、....
Twitter自動投稿あれこれ
突如TwitterのBotを作ってみたくなり試行錯誤した結果をまとめてみました。 きっかけ 講義棟の音出し禁止時間を毎日6時に通知してくれるBOTが欲しい。 幸い音出し禁止時間はネット上に記載されているので、毎日取得して呟くだけなら実装は簡単そう。 何よりPython会の記事のネタになる....
【論文まとめ】医師国家試験問題自動生成AI
以下の論文を軽く紹介。 Shen S, Li Y, Du N, Wu X, Xie Y, Ge S, et al. On the Generation of Medical Question-Answer Pairs. arXiv. 2018. http://arxiv.org/abs/1811.00681 概要 Tensent M....
Pythonの変数と代入について
Pythonの変数、ふだん何気なく使っていますが、やっていることは実は結構複雑です。主にC/C++と対比しつつ簡単にまとめてみます。 実際のところ、よく知らなくてもあまり影響がない場合が殆どです。が、複雑な操作を行ったり何か変数の挙動が不審な場合などは、思い出してみるのもよさそうで....
